Οι αρχαιολογικές έρευνες στην πόλη των Χανίων αποδεικνύουν ότι αυτή είναι χτισμένη πάνω στα ερείπια της Κυδωνίας, μιας αξιόλογης αρχαίας πόλης. Η πόλη χτίσθηκε κατά τους προϊστορικούς χρόνους από τον Κύδωνα, γιο σύμφωνα με τους αρχαίους Κρήτες του Ερμή, κατ' άλλους του Απόλλωνα και της Ακακαλίδας, κόρης του Μίνωα. Η Κυδωνία αναφέρεται από τον Όμηρο ως μία από τις σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης, ενώ οι Κύδωνες θεωρούνται προελληνικό φύλο. Οι αρχαίοι συγγραφείς θεωρούν την Κυδωνία "Μητέρα των άλλων Κρητικών πόλεων".
Πολλές είναι οι εκδοχές όσον αφορά την ετυμολογία του τοπωνυμίου της πόλης. Πιθανόν από παραφθορά του ονόμανος Χθονία, που ήταν ένα από τα ονόματα της Κρήτης, να προέρχονται τα Χανιά. Σύμφωνα με άλλη εκδοχή προέρχεται από το Αραβικό Χάνι ή τέλος από την αλχανία κώμη (προάστιο ή συνοικία της Κυδωνίας.
